Contrairement au Fantasio de Jijé, pleinement acteur et à l’origine de la plupart des aventures, celui de Franquin se trouve souvent victime d’évènements extérieurs à sa volonté. C’est le cas, par exemple quand il est victime des actes de vengeance de son cousin Zantafio dans Spirou et les Héritiers et La Mauvaise Tête. Mais le Fantasio de Franquin est aussi plus fantaisiste : il danse en homme fluorescent dans Il y a un sorcier à Champignac, invente des lunettes à essuie-glace et une voiture montée sur grue à roulettes, ainsi que le fameux fantacoptère dans Spirou et les Héritiers. Colérique et impulsif face à un Spirou calme et réfléchi, il tient parfois le même rôle d’antihéros que Donald pour Mickey.
Franquin fait apparaître Fantasio dans la série Gaston, dont il partage la vedette aux côtés de Gaston Lagaffe. Il disparaît progressivement de la série quand Franquin abandonne Spirou et Fantasio pour se consacrer uniquement à Gaston. Son rôle d’alter-ego de Gaston Lagaffe est alors repris par le personnage de Prunelle, Fantasio apparaissant une dernière fois dans le gag n°551.
